Covid-19 un virus stable dans son épidémie qui mute en fait énormément en culture

JHMCOHEN 2 avril 2020

Un papier aride, indigeste, et même gravement allergisant pour le non spécialiste ouvre des perspectives considérables sur le mode de fonctionnement du virus, sa dynamique épidémique et de potentielles cibles thérapeutiques.

Cliquer pour accéder à 2020.03.22.002204v1.full.pdf

Que montre ce papier ? On sait que le virus dans son épidémie mute très peu, fournissant tout au plus quelques marqueurs pour tracer les foyers et contaminations virale.

Ce papier  a étudié sur des cultures cellulaires aussi bien les modifications du code génétique du virus que les protéines constituant le virus ou exprimées par lui pour la fabrication de virions. Par des techniques récentes extrêmement performantes pour extraire rapidement une prodigieuse masse de données à partir d’échantillons de cultures virales très modestes.

Les résultats en sont que ce virus stable dans sa diffusion épidémique, mute en fait énormément en culture et donc probablement dans chaque individu infecté. Mais que ne sort donc en quelque sorte que la souche initiale avec peu de modifications. Du fait de pressions de sélection. En particulier du fait que la plupart des variants ne sont plus transmissibles donc contagieux ou sont bien plus mal produits.  Il serait très important de tester quel est le cocktail viral réel des patients frappés d’aggravation clinique secondaire. Serait il plus toxique pour les cellules ?

Le sourire du virus ?

L’évolution abortive d’un virus instable, installé depuis peu de temps dans notre espèce peut être plus fréquente qu’il n’y parait et même un mode de disparition de l’épidémie par endroit. Ce qui n’avait pas pu être étudié jusqu’à présent tant il est difficile de saisir et séquencer le sourire du chat de Lewis Caroll, dernier vestige lorsqu’il disparaît en commençant pas sa queue.

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Le sourire du chat de Lewis Caroll disparaît en dernier.

Le Spike ou les indispensables pointes de la couronne virale

Les auteurs se sont tout particulièrement intéressés à une mutation concernant le « spike » trimère d’une protéine de surface ( les pointes de sa couronne ) permettant l’accrochage du virus à la cellule cible. Cette protéine est largement perdue en culture in vitro. Par la perte d’un site de clivage enzymatique de son précurseur. Si la situation est identique in vivo, de nombreux virions ne sont plus transmissibles, conditionnant la contagiosité d’un sujet dont on sait qu’elle est pour ce virus étrangement variable d’un individu à l’autre. Ce qui ne veut pas dire que le virus perd la capacité de se propager dans les cellules respiratoires d’un sujet de proche en proche par fusion de cellules infectées et saines, sans sécrétion de virions capables d’infection extra cellulaires à longue distance.

De nombreuses protéines exprimées quantitativement ou qualitativement de façon variables d’après ce travail, peuvent aussi moduler l’infection, l’effet cyto-pathogène du virus, et sa létalité. Et pourraient devenir des cibles thérapeutiques.

Le mythe des méchantes mutations

Est -ce à dire qu’un virus qui mute ainsi pourrait devenir plus dangereux ? C’est très peu probable: un virus à diffusion rapide doit trouver un compromis efficace pour sa survie entre contagiosité et production massive. Si cette dernière est plus importante, elle tue l’individu et diminue donc la contagiosité. Et donc l’efficacité épidémique. Les précédents Sras trop mortels ont peu diffusé, tout comme la grippe H1N1.

La contagiosité variable du virus

Une particularité du Covid-19 est la grande variabilité des contaminations assurées par chaque sujet porteur. Si la moyenne se situe autour de 2.2 en terme de dynamique d’épidémie, les écarts individuels sont plus importants que pour d’autres virus comme la grippe par exemple. Avec des sujets apparemment « super contaminateurs » comme le sujet britannique rentré de Singapour et ayant contaminé en France et UK une vingtaine de personnes. L’excrétion d’une proportion variable de virus défectif « inefficace » pourrait en être une des explications.

L’origine dus virus Sars-Cov2..

Cette énorme variabilité du virus conduit aussi à imaginer que des recombinaisons entre souches peuvent aboutir à un nouveau variant en très peu de temps avec de nombreuses retouches. Confortant le modèle d’origine du virus ou on aurait eu affaire, sans doute en plusieurs temps, à un réassortiment entre un virus habituel de chauve-souris, celui de pangolins et peut-être un coronavirus humain.

Ce papier ouvre donc de nombreuses perspectives, alors qu’il ne prétendait qu’à contrôler la qualité de la production in vitro de futures souches vaccinales ou de matériel pour tests diagnostiques. Il montre aussi que l’obtention d’une énorme masse de données ne dispense pas de réfléchir ensuite à leur signification !

Il montre aussi combien Charles Nicolle avait raison:  «  » Jamais, nous ne devons oublier que les faits dont nous nous occupons sont mouvants, qu’aucune formule ne peut les fixer, les définir, que nous n’en apercevons qu’un tronçon, que les commencements nous échappent, que le phénomène se modifie entre nos mains«  » »

 Charles Nicolle 1932 Le destin des maladies infectieuses

Mise à jour:

Un second papier confirme les mutations du Spike in vivo:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.31.015941v1

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