Où va le Covid-19 ?

JHMCOHEN 04/05/2020

Sur les ondes de RCF 

Avant d’aborder la question du déconfinement français, il convient de regarder l’évolution de l’épidémie puis son devenir. Mais auparavant quelques définitions sont nécessaires. on  appelle « Traînée » de l’épidémie, la dissymétrie de sa pente descendante, toujours plus lente que sa montée. On appelle « Rebond » une reprise de l’épidémie dans la courbe épidémique en épaulement ou juste après le pic.  On appelle « Résurgences » des foyers ou de petits pics succédant à la persistance d’une circulation virale sporadique post épidémique. On appelle enfin « Seconde vague » la survenue d’un nouveau pic épidémique, semblable au premier à distance de quelques mois ou d’une année.

Pour un virus nouveau dans l’espèce humaine, et probablement encore peu stable, nous ne disposons d’aucune certitude ni d’expérience dépassant l’analyse du comportement de l’épidémie dans les pays où elle fut plus précoce.

Il y a eu partout une traînée de l’épidémie. Plus ou moins longue. On n’a vu de rebond qu’en Espagne à l’intérieur même du pic principal. Un pays demande une attention particulière, c’est l’Iran, qui après une traînée bien plus considérable qu’ailleurs, voit depuis 4 jours la remontée d’une vaguelette ou d’un vrai rebond, nul ne le sait pour l’instant.

En chine avec 2 mois de recul, il n’y a pas de circulation sporadique endogène conduisant à des résurgences. Tous les nouveaux mini foyers de quelques cas à quelques dizaines de cas, semblent des ré-importations et avoir été jugulés par le dépistage, les mises à l’écart et les quarantaines.

Le comportement du virus  ou le sars-cov2 est il une sauterelle ?

Même si toute évolution favorable est dans chaque pays attribué à la politique menée, on doit admettre un assez grand libre arbitre du virus lui-même et constater après Charles Nicolle que les épidémies sont mouvantes et qu’elles évoluent pendant même qu’on les étudie.  La circulation virale en France de Décembre à fin Janvier n’a pas conduit à un démarrage épidémique, tandis que la réunion évangélique de Mulhouse puis le premier tour des élections municipales ont au contraire mis le feu à la savane. Tout se passe comme si le virus comme allumette ne déclenchait d’incendie que s’il se frotte à une surface appropriée.

Son comportement face aux mesures humaines est lui aussi variable. Comme une sauterelle n’a ni la même morphologie ni le même comportement en phase sporadique ou en grande migration grégaire. Il faut rappeler au début de l’épidémie le grand scepticisme occidental sur l’efficacité du confinement généralisé des foyers chinois considéré comme archaïque et ne pouvant au plus que retarder l’épidémie de 8 à 10 jours dans les modèles que les inlassables épidémiologistes ont construit à l’époque. Force est pourtant de constater que plus de 20 foyers secondaires  de faible ampleur hors de Wuhan, se sont écroulés en épidémie avortée autour d’un millier de cas chacun. Le virus n’ayant pas eu le temps d’y muter assez pour se suicider, on doit constater que le confinement y a été efficace. Situation que l’on retrouve un peu partout y compris chez nous. Où les foyers sporadiques de faible ampleur n’ont pas pris de dimension épidémique dans des régions à faible circulation virale.

L’effet des mesures de confinement demande pour être analysé de distinguer les mesures (a) de distanciation sociale, individuelles et collectives, (b) l’isolement des malades et la quarantaine de leurs sujets contacts, (c) les mesures de couvre-feu ou confinement proprement dit. L’étude de la pandémie dans différents pays montre que les mesures (a) et (b) sont efficaces et suffisantes en phase sporadique, que les mesures (c) le sont aussi dans ces circonstances mais sans doute par excès. Et qu’en phase épidémique, aucune n’est efficace. D’où les énormes différences de résultat d’un pays à l’autre, selon que des mesures ont été prises a temps ou en retard.

wuhan asymptomatiques

On voit ici l’ampleur de l’épidémie silencieuse à Wuhan et les prédictions de résurgence, démenties par les faits.

Le plafond de verre et la mauvaise compréhension de l’immunité du troupeau

Certains ont théorisé que l’épidémie ne pouvait que grimper jusqu’à l’échelle d’immuniser assez de monde pour que le virus ne puisse plus diffuser et disparaisse. C’est la barrière d’éradication. Pour un virus de contagiosité de l’ordre de Ro 2 à 3 il faut en gros atteindre les 2/3 de la population. En fait, l’épidémie s’est éteinte bien avant comme il est habituel à environ 25% de contaminés autour des foyers, la plupart silencieusement. Cette barrière épidémique et non d’éradication a été constatée à nouveau dans l’étude du foyer de Creil. Il en a été tiré la conclusion alarmiste que la fameuse barrière d’éradication n’était pas atteinte. Pourtant revenu à une circulation sporadique, le virus s’est éteint et l’épidémie de l’Oise à disparu.

On peut au passage parler de l’utilité de la fermeture des écoles. Dans le cas de la grippe, les enfants sont les principaux contaminateurs. Dans le cas du Covid-19, ils le sont peu et en tout cas quasiment jamais avant 10 ans. Ce qu’on ne pouvait deviner avant l’épidémie. Le Pr Shaddocko aurait dit « puisqu’il n’y avait pas de raison de confiner les enfants, il n’y a pas de raison de les déconfiner ». En fait l’efficacité de fermetures scolaires se fait  par l’intermédiaire des parent qui ne se rencontrent plus à la sortie de l’école. Et par l’arrêt de travail des mères obligées de garder les enfants à la maison.

Conditions nécessaires modernes à des décisions rationnelles de déconfinement:

= connaître la circulation virale et son évolution par des sondages répétés, définis par l’insee ou les instituts de sondage sur la population générale, de tests du génome viral à une échelle suffisante ( 200 000 dosages par campagne correctement échantillonnés en 5 J. ). il faut donc accroître les capacités de test en conséquence.

= connaitre le degré de diffusion silencieuse passée par des tests anticorps en sondages également. Sans but prédictif individuel pour des tests de première génération, mais déjà de valeur épidémiologique.

= décider sur ces données et le suivi de l’expérience lombarde de la date de déconfinement total ou partiel. Le plus probable étant de garder des barrières géographiques déconfinant d’abord les zones ou il n’y a plus de circulation virale. Notre profil épidémique ressemble à celui de la Lombardie où l’épidémie à 10 à 15 jours d’avance sur nous. Son plateau de nouveaux positifs ne baisse que lentement et la circulation virale ne devrait y disparaître qu’à mi mai. Ce qui sauf bonne surprise ne devrait se produire chez nous qu’à la fin du mois de mai. Le déconfinement français étant prévu le 11 mai, quoi qu’il arrive, va nous faire entrer dans un puzzle incompréhensible et inapplicable de confinement multi-différencié kaléidoscopique. Seules des zones géographiques de déconfinement pourraient être lisibles si elles dépendaient de critères clairs. A condition de disposer de la cartographie de la circulation virale indispensable. Qui pourrait également au contraire révéler la bonne surprise d’un effondrement de la circulation virale permettant une levée générale du confinement, sans mesures intermédiaires plus vite que prévu.

= savoir surveiller les résurgences éventuelles avec isolement des malades, tracking systématique de leurs contacts à mettre en quarantaine pour les cas isolés ou micro-foyers. Dès qu’on dépasse la douzaine d’individus, il faudra boucler la zone, et traquer les contacts extérieurs à confiner également,. Paradoxalement, les contacts plus ou moins lointains inhabituels dépistés par le tracking général seront peu nombreux et pourront bénéficier d’une grande sollicitude de mise à l’écart en hôtel de luxe ou centres de vacances plutôt qu’en camps chinois ou vietnamiens. Mais la zone du foyer, village, bourg, quartier, ou ville sera bouclée de façon étanche et sa population reconfinée. Le risque étant que la population restant globalement susceptible, quelques individus contaminés et contaminants échappant au bouclage ne diffusent à nouveau le virus dans une zone ou l’épidémie avait avorté dans sa première vague. Ou en l’absence de bouclage qu’une nouvelle vague épidémique soit initiée en peu de temps par un foyer d’une masse critique suffisante. Les équipes des anciennes DDASS reprises dans les ARS ont l’habitude d’enquêtes longues et minutieuses à partir d’un cas. Elles ne sont sans doute pas les mieux adaptées. De toute façon elles semblent dessaisies au profit de l’assurance maladie et de sa base de donnée. Reste à voir si les vérificateurs d’arrêt de travail, sont eux les plus qualifiés….

Quels sont donc les critères d’appréciation permettant un déconfinement?

Il n’y en a qu’un, c’est l’appréciation de la circulation virale.

Nous n’avons pas été capable de mettre en place des outils modernes pour cela de testing, sondages etc. Il nous reste un critère rustique, indicateur « maîtrisé, fiable, robuste et extrêmement sensible », a expliqué le ministre de la Santé Olivier Véran qui veut positiver: La fraction des patients vus aux urgences qui y sont venus pour une suspicion de Covid-19. Autrefois dans les dispensaire de brousse on évaluait ainsi le nombre de tuberculeux par ceux des malades qui toussaient dans la file d’attente… Comme fraction, dont les deux termes peuvent être faussés cet indicateur peut donner des résultats étonnants dans les deux sens selon les endroits.  L’autre critère retenu de la disponibilité de lits de réanimation est encore moins fiable, quand par exemple un centre hospitalier important draine des malades des départements voisins.

Il reste en fait encore un paramètre utile dans la situation actuelle: le nombre de nouveaux patients détectés positifs par jour. Il était encore le 6 mai de 833 et la veille de 663. Ce qui n’est pas négligeable si l’on considère que les malades sont contaminateurs efficaces pendant 2 semaines environ et que le taux d’infection inapparente est comme à Wuhan de 8 pour un environ. Soit environ encore un peu plus d’un contaminateur par 100 000 habitants.

Surtout le test de la file d’attente nous apprend que géographiquement, seuls Paris ville et le val d’Oise ont encore une circulation virale active. La répartition géographique des nouveaux positifs par jour n’est pas donnée dans les résumés quotidiens et doit se trouver dans les recoins du site labyrinthique Geodes de Santé Publique France, qui ne tient pas la comparaison en terme d’accessibilité avec le site Epicentro de nos voisins transalpins.

D’autres indices favorables sont apparus: la gravité de la maladie diminue comme en témoigne le plus grand nombre de patients laissés à la maison plutôt qu’hospitalisés, l’apparition de formes cliniques atypiques, digestives ou cutanées par exemple, classique en fin d’épidémie. Les syndrome de Kawasaki atypiques sont soit directement dus au virus soit à un autre agent infectieux qui se glisse derrière  l’épidémie comme des engins à 2 ou 3 roues derrière un camion du SAMU dans un embouteillage sur le périphérique…

L’épidémie assurément se termine mais est elle tout à fait finie?

circulation virus 5_5

Au 6 Mai Paris et le Val d’Oise sont les seules zones actives donc à éviter

Le très mauvais pari du retour des réfugiés !

Le ministre de l’intérieur a indiqué qu’au 11 mai, les réfugiés virologiques parisiens pourraient quitter la France profonde pour regagner leurs pénates. Ce n’est pas une population négligeable puisqu’on l’estime à 20% de la population parisienne. Si la circulation virale à Paris n’évolue pas spectaculairement dans les 3 prochains jours, cela reviendrait à les autoriser à revenir au seul endroit à éviter. Retarder leur retour d’une semaine serait tout à fait souhaitable, si l’on ne veut pas créer un rebond « artificiel » début juin.

 

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