Covid: quelle queue d’épidémie? Longue, courte, ou en queue de cochon?

JHMC 20/04/2020

Manifestement seule l’option pessimiste de la durée de l’épidémie et des rebonds liés au déconfinement qui leur est imposé, hante l’esprit d’Edouard Philippe et d’Olivier Véran. Sans pour autant qu’ils se donnent les moyens d’évaluer la situation, l’efficacité ou les dangers des ouvertures prévues. Ou de changer de pied si c’est l’option optimiste qui se dessine.

courbe pics italie

Johns Hopkins University

Comment savoir et que regarder ?

En effet, le paramètre principal, c’est la circulation virale et la boussole pour l’apprécier, c’est le test virologique, non pas des malades plus ou moins graves ou des hypocondriaques mais l’échantillonnage de la population. Un sondage massif et régulier en quelque sorte sur un panel équilibré d’âges, de sexe de résidence de métiers etc. Pour détecter des résurgences un panel de 20 000 personnes suffira.

Le virus ne guette pas les confinés sur le pas de leur porte en attendant patiemment. Le virus ne peut durer plus de quelques  heures ou jours hors d’un individu et ne peut s’installer indéfiniment chez un individu dont le système immunitaire le jette à la rue en 2 à 3 semaines. Et comme SDF il ne survit pas.

Pour surveiller correctement la queue d’épidémie et sa cinétique, c’est un panel de 200 000 tests par semaine qui aurait pu nous permettre d’obtenir 3 points successifs avant le 11 Mai. Le nombre de test n’a rien d’extravagant et peut être assuré si on n’en gaspille pas en tests désordonnés des sujets demandeurs. Les sondeurs et l’insee savent parfaitement comment constituer un tel panel.
Lorsqu’il n’y aura plus de circulation virale, à mi Mai version optimiste ou fin Juin pour les autres sans qu’on puisse les départager pour l’instant, le déconfinement pourra être total. Avec des outils de test, on devrait le savoir 2 à 3 semaines à l’avance..
Seuls par sécurité, les grands rassemblements, des matchs de foot aux festivals, resteront interdits cet été. Et le port général du masque en public conservé pour quelques semaines au delà de la disparition du virus.

Et les tests anticorps ( Ac )?

Les variations de fréquences régionales des sérologies positives seraient à apprécier d’urgence pour avoir une idée de l’échelle des contacts avec le virus et de leur disparité géographique. Même si les tests sérologiques de première génération sont médiocres, leur usage épidémiologique et non prédictif individuel est tout à fait possible et urgent. Nos voisins allemands se préparent à le faire. La aussi il faut échantillonner et non pas laisser réaliser des foyers de tests compulsifs et un désert sérologique dans le reste du pays. Une différentiation géographique des mesures selon la circulation virale et la fraction de la population ayant déjà rencontré le virus ne serait pas invraisemblable.

Les anticorps à l’usine?

Si les tests étaient quasi parfaits et représentatifs de l’immunité protectrice, il seraient bien sûr un excellent outil de discrimination ( au sens positif du terme !) des sujets à risques ou pas. Donc des postes de travail qu’ils peuvent occuper.
Malheureusement leur valeur prédictive individuelle est assez pauvre pour les tests de première génération.
Les meilleurs ont environ 10% de faux positifs comme de faux négatifs. Mais surtout leur comparaison aux AC neutralisants de l’infection in vitro de cellules Véro est catastrophique.
Sur une première étude à confirmer, sur 175 infections certaines, un tiers n’ont pas d’anticorps neutralisants, qui sont les seuls à prédire avec certitude une protection. Parmi eux 10% n’ont pas d’anticorps du tout dans les tests Ac V1 et pire 20% en ont. Il s’agit de sujets jeunes avec infection minime.
En fait, la seule chose qui serait possible pour détecter les sujets sans risques serait de séparer ceux qui ont fait une infection certaine.. Mais comme personne ou presque n’a été testé, on va englober toutes les autres viroses respiratoires de la saison dont la grippe, soit par endroit bien plus de gens que de vrais Covid !

Des tests anticorps de seconde génération devraient s’attacher à dépister moins mais mieux ces seuls anticorps protecteurs, pour l’instant réservés à une technique lourde de culture cellulaire et virale, qui ne peut être utilisée à large échelle.

Concernant l’isolement des sujets porteurs, le confinement seul à la maison ou à l’hôtel est raisonnable. Mais le confinement en famille envisagé est une hérésie épidémiologique ou un pis aller. En fait il y a deux situations: i) des micro foyers d’un ou quelques individus dont la mise à l’écart individuelle est raisonnable, celui de leurs sujets contacts se passant en hôtel, centre de vacances etc plutôt qu’à domicile. ii) de petites bouffées épidémiques dans un quartier, un ehpad, une communauté ou un bourg. La seule solution est alors l’isolement et le bouclage de ce gite d’épidémie localisée, assortie d’un confinement à l’intérieur de lui. Il faut suivre l’évolution des quartiers religieux foyers infectieux traités ainsi en Israël pour en tirer des leçons.

Des nouvelles de l’étranger

Concernant les prédictions d’évolution de la queue d’épidémie. Une mauvaise et une bonne nouvelle de l’étranger. Même à l’échelle d’une seule région italienne, en Lombardie, le plateau de coalescence de pics tout à fait pointus n’en finit pas de durer, depuis plus d’un mois maintenant.

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Nouveaux positifs journaliers en Lombardie. Courbe corrigée robuste JHMC

L’épidémie y durera plus que les 8 semaines de Wuhan, sans doute parce que l’exérèse des sujets positifs de leur environnement familial n’a pas eu lieu. Et parce que l’épidémie italienne n’est pas unifocale. Mais à voir la forme des mini-pics on peut espérer une chute brutale de la circulation virale dès après le dernier pic.

La bonne nouvelle vient de Chine: à plus de deux mois du pic, aucun rebond n’est observé. Tous les cas secondaires sont des cas ré-importés. Le covid n’est pas la grippe espagnole, et rebonds, résurgences et seconde vague, ne sont pas inéluctables. Et même moins probables que la disparition du virus, au moins pour quelques mois. Sauf allers et retours trans-frontières qui seront à éviter, dépister et écrémer efficacement.

Mask, Wash, Watch !

 

 

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