Covid-19, les variants meurent aussi !

JHM Cohen 3/12 2021

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La chronique d’actualité qui se transforme en chronique santé au fil des jours, des semaines, des mois pour suivre l’actualité de la Covid-19. C’est avec le professeur Jacques COHEN que l’on décortique tout cela. Jacques, bonjour.

Bonjour !

Aujourd’hui, on s’intéresse au variant de la Covid-19 avec un point d’actualité. Sur ce variant, en français on dit Omicron et en anglophone on dit Omicrone. Comment faut-il l’appeler ce variant, Jacques COHEN ?

C’est le « O » aigu, pas le « O » ardennais. Le « O » ardennais c’est oméga et là c’est « Omicron », le « O » aigu de l’alphabet grec. Pour le prononcer correctement en grec, il faudrait aussi un accent tonique sur la première syllabe et un « r » mouillé en « l » français. Difficile pour des français !

Après ce petit cours de linguistique comparée, Jacques COHEN, le point d’actualité sur ce variant que l’on va appeler Omicron en français correct.

Oui, cela me parait beaucoup plus simple. Ce variant est en fait connu depuis plusieurs mois et à première vue, il n’avait pas beaucoup inquiété, car quand on regarde ses mutations sur le Spike, on voit très vite qu’il s’attache beaucoup moins bien sur le récepteur que les autres, donc on n’aurait pas misé grand-chose sur lui. La différence entre les courses de chevaux et la virologie, c’est que de temps en temps les outsiders gagnent en matière de virus beaucoup plus souvent que quand les courses ne sont pas truquées.

Ce variant connu de longue date, de quelques mois, a eu un succès inattendu en Afrique du Sud. Il a effacé Delta en très peu de temps et donne un pic spécifique là-bas. Il y a ensuite, sur place, pas mal d’incertitudes d’abord parce que, de part la structure de la population, ce sont des sujets jeunes et il y a peu de cas graves. Ceci dit, dans une population où il y a plus de gros, de diabétiques entre autres, et surtout beaucoup plus de personnes âgées, cela changerait probablement. Du moins, on n’en sait rien pour l’instant, c’est tout de même un paramètre très, très important. Ensuite, on constate que ce variant semble frapper également – si on regarde les hospitalisations en Afrique du sud – les vaccinés et les non-vaccinés. Autrement dit, les vaccins ne seraient pas protecteurs du moins de l’infection et probablement de l’hospitalisation. Il reste une petite possibilité que son affection soit atténuée par le vaccin, mais cela n’est pas du tout certain. On peut joindre à ces incertitudes sa présentation clinique beaucoup plus « grippale » et neurologique ce qui avait fait repérer les premiers cas comme insolites. Ce que la presse internationale rapporte peu.

Justement, Jacques COHEN, puisque vous parlez des vaccins, est-ce qu’ils marchent tous de la même manière sur ce variant ?

Nous n’avons pas de données de terrain et de santé publique sur autre chose que les vaccins les plus courants en Afrique du Sud, c’est-à-dire les vaccins ARN, peut-être y a-t-il eu aussi un peu de Johnson & Johnson®, mais nous n’avons pas d’analyses spécifiques là-dessus. En revanche, il est exact que les vaccins virus entiers ont une petite chance d’être plus efficaces parce qu’ils ne concernent pas que le Spike, mais c’est une chance assez faible, car sur le Sars-CoV 2, on sait que Spike est protecteur, mais pour le reste, nous n’avons pas de grande idée, et plutôt des éléments négatifs. Par comparaison, par exemple pour la grippe, ce qui est protecteur c’est H et N, l’hémagglutinine, la neuraminidase, mais le reste du virus n’induit pas d’immunité protectrice malgré 50 ans de recherches pour essayer de faire un vaccin universel. Donc les chances que les vaccins à virus entiers soient plus efficaces sont relativement minces, mais enfin, il y a une petite chance quand même, il va falloir pas mal de temps pour le savoir, au moins 5 ou 6 semaines, ne serait-ce que parce que le variant se répand sur la planète assez rapidement.

D’ailleurs, Jacques COHEN, puisque l’on parle de ce variant, de comment le combattre et essayer de trouver des pistes, il y a une actualité depuis une semaine maintenant, c’est la troisième dose qui est imposée à tous les Français de plus de 18 ans. Est-ce que cette troisième dose ou la deuxième dose faisant office de troisième dans le cas où l’on a contracté la Covid-19 précédemment, est-ce qu’elle est efficace contre ce variant ? Est-ce qu’elle permet de mieux lutter contre ce variant ?

Il faut d’abord dire qu’elle est efficace contre le Delta du pic actuel. Il est important de rappeler que l’Omicron, c’est quelque chose qui est envisagé pour dans quelques semaines ou quelques mois, s’il arrive à se répandre, nous en reparlerons bientôt. Pour l’instant, nous sommes confrontés à un pic d’un variant connu et pour lequel la vaccination réduit considérablement la gravité de la maladie. Il ne réduit pas forcément totalement la transmission, mais il en réduit considérablement la gravité et je peux vous dire que les malades que j’ai vus dans la semaine écoulée – à une exception près d’un immunodéprimé – étaient tous non vaccinés, malheureusement. Donc il faut bien sûr faire cette troisième dose, c’est un élément préliminaire parce que c’est une possibilité d’avoir une immunité protectrice contre le variant et l’épidémie actuelle. La question des enfants, comme je vous l’ai toujours dit, c’est autre chose, mais au-dessus de 30 ans, je recommande chaudement d’aller se faire vacciner en troisième dose. Pour les personnes de mon âge plutôt que du vôtre, la question ne se pose pas : c’est une double voire triple recommandation.

D’ailleurs, Jacques COHEN, je me permets juste le parallèle sur la troisième dose, il y en a certains – et vous en connaissez dans l’équipe de RCF – qui ont un côté un peu hypocondriaque et qui se disent « j’ai eu ma première dose avec Moderna®, je vais avoir la deuxième avec Pfizer® », on mélange tous les laboratoires. Il n’y a pas de problème ou de conséquence à relever ?

Il n’y a pas de conséquence à relever du fait de faire des rappels avec des vaccins différents, ce qui ne veut pas dire à l’inverse que ces rappels seront totalement inoffensifs, mais il ne faut surtout pas dire cela à l’hypocondriaque que nous connaissons bien tous les deux.

Alors nous allons continuer et revenir à nos sujets sur les variants.

manaos opera-house

Opéra de Manaos. Son variant ne s’est pas propagé, ni à Garnier ni à Bastille !

Vis-à-vis d’Omicron, les vaccins actuels ont, je crois, peu de chances d’avoir une efficacité, il faut le dire. En revanche, il n’est pas sûr du tout qu’Omicron vienne se promener chez nous et s’installe. Venir se promener, oui, par les échanges il y en a probablement plusieurs dizaines de cas, mais va-t-il s’installer ? Parce que les variants ne sont pas automatiquement capables de pandémie sans que l’on comprenne très bien pourquoi.

Je vais vous donner deux exemples : il y a eu un variant à Manáos au Brésil qui était redoutable, car à peine 6 mois après la première vague, il recontaminait sans problème les gens qui avaient été malades la première fois. On a pensé que cela allait être quelque chose d’assez dévastateur. Il a donné quelques cas au Japon, il a essaimé, puis, plouf ! On n’a plus rien eu. Ensuite il y en a un autre du Pérou qui lui aussi a été assez méchant sur place et qui, pour faire court aujourd’hui, n’a pas donné de pandémie. Donc il ne faut pas croire qu’un variant, automatiquement s’il est plus contagieux – ce qui a l’air d’être le cas – va donner une pandémie, il faut aussi qu’il puisse quitter son territoire d’origine, s’implanter, qu’il soit insensible à la météo, au terroir, etc. On a même eu un gag en France sur le précédent variant sud-africain que l’on a emmené via Mayotte dans le Massif central où il n’était pourtant confronté à aucune concurrence à l’époque d’une autre souche de Sars-CoV 2, il ne s’est pas implanté du tout, le Massif central n’était pas son truc.

Ce que vous nous dites, Jacques COHEN, c’est que des variants, on en a déjà connu, il y en a déjà eu, mais qu’ils n’ont pas forcément tous fait le tour du globe.

Voilà ! Qui n’en ont pas fait le tour, et qui ne se sont pas installés, implantés et qui n’ont pas donné de pandémie. Nous pouvons discuter un peu plus de l’évolution des variants et des pics parce que schématiquement, quand un variant est méchant, récent et très contagieux, la plupart du temps, il est instable. On a l’habitude de raconter concernant les pics épidémiques qu’ils montent et descendent lorsque l’immunité de la population est suffisante, c’est ce que l’on raconte aux petits enfants, mais ce n’est pas vrai. Si vous prenez par exemple le pic spectaculaire de New York avec le Sars-CoV 2 sur leur première vague, il est monté en pic très aigu, il est redescendu très vite, mais il n’a pas laissé d’immunité quelconque dans la population, du moins significative puisqu’il y a ensuite eu d’autres pics et ainsi de suite. Donc en fait, nous ne savons pas très bien ce qui gouverne les mécanismes de montée et descente d’un pic, mais on a quelques lumières.

En effet, le pic Delta, celui que nous avons maintenant, a donné au Japon un pic important qui est redescendu assez rapidement, en tout cas, bien plus brutalement que dans les pays où il y a une traînée sur des mois, par exemple en Grande-Bretagne. Des virologues japonais ont fait des séquences systématiques et ont pu constater qu’apparaissaient au fur et à mesure de l’épidémie des mutations de plus en plus nombreuses, non pas sur le Spike, mais sur des gènes qui permettent de réguler la reproduction et la virulence du virus, surtout son taux de reproduction. Au fur et à mesure, en quelque sorte, le virus s’intoxiquait par des mutations qui le rendaient de plus en plus inefficace et ensuite il s’est écroulé.

Je vous ai dit plusieurs fois qu’une des évolutions possible de la maladie c’est que l’on ait un variant méchant qui parcoure la planète, qui éradique les autres variants et qui s’écroule tout seul. Il faut donc rappeler que les variants, souvent, meurent tout seuls et que ce n’est pas l’immunité qui fait la fin du pic. Un variant bénin ne peut pas non plus être exclu comme fin de la pandémie. Mais pour l’instant la pandémie, de vague en vague,n’est pas finie.

Et c’est ainsi que va se terminer la discussion, Jacques COHEN, parce que sinon le temps va être dépassé, mais nous vous remercions de nous avoir éclairés. Nous aurons l’occasion de reparler de ces variants certainement.

Absolument !

À très bien, Jacques COHEN ! Merci beaucoup de nous avoir éclairés.

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