Covid-19 stop ou encore? C’est le virus qui décidera….

JHM COHEN 24 05 2020

L’évolution de l’épidémie du Sars-Cov2 reste incertaine en France. Aucun pronostic ne peut dépasser le stade du pari. Et les pouvoirs publics seraient avisé à ne pas en faire. Pour au contraire, prendre des précautions raisonnables et surtout se donner les outils d’évaluation de la situation et de réaction rapide aux différentes éventualités. Dont nous ne disposons malheureusement pas.

Ce qu’on sait du virus et de l’épidémie

Virus  introduit récemment dans notre espèce et encore largement instable, le sars-cov2 peut très bien disparaître après un seul tour de piste, donner lieu à des résurgences et à une seconde vague. Et même s’installer durablement dans notre espèce. Mais aujourd’hui c’est la question de sa traînée en fin d’épidémie et celle de rebonds immédiats qui nous préoccupe.

Pour l’envisager, il faut résumer ce que l’on sait déjà sur la dynamique épidémique de ce virus en tirant les leçons de sa courte vie et de son passage en différents pays.

Une originalité de ce virus est sa très forte sélectivité de mortalité. Sur près de 3 Log des enfants aux vieillards. Aucun autre agent infectieux  ne frappe ainsi. L’image est frappante d’évaluer combien de soldats US en seraient morts pour le même nombre de soldats infectés quand plus de 60 000 d’entre eux ont succombé à la grippe espagnole: quelques dizaines  au plus dans cette classe d’âge en bonne santé. Ceci implique qu’une variation minime de virulence peut faire passer le sars-cov2 de tueur sérieux à source inoffensive de rhume. Ou au contraire voire sa létalité se renforcer en un endroit donné, mais alors au détriment de sa contagiosité en sabordant son épidémie.

Une autre particularité notable, est son comportement très différent en phase sporadique et en phase épidémique exponentielle. On ne peut que le comparer au criquet pèlerin, qui peut passer de sauterelle verte solitaire et peu vorace, à une forme grégaire changeant de morphologie, de couleur  et de comportement sous l’effet de rencontres et du frottement de ses élytres déclenchant la sécrétion de sérotonine et aboutissant à des nuages calamiteux dévorant tout sur leur passage.

Au stade sporadique, son efficacité épidémique est médiocre, ses foyers ne prenant pas forcément de l’ampleur. Et surtout le virus est à ce stade tout à fait sensible aux mesures de confinement et même simplement de distanciation sociale. La Chine a pu écraser plus de 20 foyers secondaires de l’épidémie initiale avec succès quand tout le monde en Occident, considérait ses mesures de confinement comme moyen-âgeuses et ne devant retarder l’épidémie que d’une à deux semaines. En France même, l’épidémie s’est écroulée sous l’effet du confinement dans les zones où la densité virale était restée faible.

Au stade de pic épidémique, en revanche, aucune mesure ne semble efficace. La cinétique en devient autonome et se limite d’ailleurs elle même bien en dessous de l’immunité d’éradication des 2/3 de la population environ pour un virus de potentiel Ro de 2 à 3. A noter que ce coefficient peut être employé comme valeur absolue d’un type viral en quelque sorte comme affinité intrinsèque ou comme mesure instantanée de l’état de l’épidémie, valeur numérique devenue tautologique d’une épidémie qui croît au dessus de 1 et décroit en dessous. En pic exponentiel, l’épidémie se limite d’elle-même à un plafond de verre qui se situe pour une virus de cette contagiosité autour de 25% de la population. Il est amusant de voir cette notion classique de distinguo entre immunité d’éradication et immunité de barrière épidémique être redécouverte par des épidémiologistes statisticiens qui invoquent des réactions croisées bien inutiles.

En phase de décroissance du pic épidémique, une sensibilité aux mesures de santé publique réapparaît. La pente décroissante est toujours moins raide que celle de montée. Mais elle traîne beaucoup moins dans les pays qui isolent séparément les malades de leurs proches. Et ces derniers de la population générale, que lorsque plusieurs générations porteurs ou initialement indemnes cohabitent comme en Espagne et en Italie.

Les mesures de distanciation sociales plus encore que de confinement y reprennent de l’importance comme le montre le rebond iranien qui fait suite au début du ramadan, dont on retrouve une trace moindre dans les courbes de plusieurs autres pays. Tandis que plusieurs pays musulmans dont l’Arabie Saoudite, l’Algérie  ou la Turquie déclenchent un couvre feu pour la fin du Ramadan, à l’image de celui instauré en Israël  pour la Pâque juive. Ce rebond majeur iranien n’est pas très bon présage. Reste à voir s’il finit par se tasser ou s’il prélude à une expansion épidémique exponentielle qui n’a pas jusqu’ici véritablement eu lieu dans ce pays dont le premier pic est monté par une pente relativement douce.

iran new cases 23 5 2020

Iran. Nouveaux cas par jour. L’effet du Ramadan qui débute le 23 Avril est visible à partir du 2 Mai. Ici pas de restriction à la pratique religieuse habituelle.

Si on en tire les leçons pour notre pays, on peut percevoir le danger de l’autorisation des réunions religieuses, musulmanes ou catholiques pour des fêtes majeures dans la dernière décade de Mai, suite à un avis du Conseil d’État qui ne réclamait que des clarifications et une nouvelle rédaction du décret.

Nous prenons ainsi un risque important, si le virus continue à circuler.

L’état des lieux

En phase de décroissance épidémique, l’important est d’apprécier la circulation virale résiduelle et la virulence du virus, la maladie s’atténuant ou pas, se diversifiant en formes atypiques. La cartographie géographique est aussi très importante quand la diffusion virale paraît hétérogène.

En s’aidant de données comparatives de nos voisins allemands et Italiens, faute d’outils et de données fiables suffisantes chez nous, on peut déjà affirmer que la circulation virale persiste en France, à l’échelle d’un millier de nouveaux malades par jour, dont quelques dizaines entrent en réanimation. La circulation inapparente est elle hors de portée de la tactique de dépistage choisie. Il est impossible des chiffres publiés de déduire des prévalences par zone, même s’il semble que la circulation virale ait disparu dans certains territoire. Nous dépistons des foyers. Mais trop tardivement puisqu’ils sont déjà à l’échelle de plusieurs dizaines de personnes. Et nous ne traçons pas assez largement et assez vite leurs sujets contacts, de façon humaine ou informatique qui n’est toujours pas au point, puisque nous ne semblons en trouver que 3 en moyenne par cas index quand on pourrait en attendre une bonne dizaine. Les isolements et quarantaines ne paraissent pas non plus d’une grande rigidité….

Encore une fois, seule compte la circulation virale et si celui-ci choisit de disparaître de façon saisonnière ou définitive tout cela n’aura pas grand importance. Dans le cas contraire, nous aurons accumulé des choix malheureux: tester les malades quand de 50% à 85 % des cas sont asymptomatiques et uniquement accessibles par sondage large, ne pas faire d’enquête épidémiologique massive par sérologie pour établir une carte de France. Le choix en Italie et en Israël est de 150 000 et 100 000 tests respectivement. Dépister les foyers sans s’appuyer sur la médecine du travail et les screenings répétés dans les entreprises pour favoriser le redémarrage économique. On peut y ajouter de continuer à pratiquer des détections PCR lentes de première génération sans viser des résultats dans l’heure par d’autres méthodes d’amplification génique ou la détection d’antigènes viraux en quelques minutes.

On peut constater que le maintien du confinement ou de fortes distanciations sociales jusqu’à fin juin aurait probablement permis la disparition de la circulation virale résiduelle. L’argument de l’urgence économique ne vaut pas, car si le déconfinement trop précoce de 2 semaines conduit à rallonger de 2 mois les troubles de la fin d’épidémie, l’économie ne redémarrera pas jusqu’à ce moment au moins.

Les paris chinois et suédois

Deux pays ont pratiqué des paris opposés sur cette épidémie. La Chine qui a choisi des mesures d’écrasement par confinement généralisé, il est vrai faute de tests disponibles initialement. Et qui persiste à penser que le risque de résurgence est suffisamment majeur pour justifier de reprendre de telles mesures coûteuses à l’échelle d’une ville entière dès qu’un foyer dépasse 50 cas semble-t-il. Et la Suède qui a pris l’orientation opposée de considérer que le virus passera et repassera pendant au moins un an quoi qu’on fasse jusqu’à atteindre l’immunité d’éradication. Le simple ralentissement de la diffusion virale par distanciation sociale devant suffire à éviter la saturation du système de santé en aplatissant le pic épidémique.

Les deux paris peuvent être perdus. Si les résurgences sont interminables, les Chinois ne pourront isoler ville après ville indéfiniment pour 3 mois. Si le virus disparaît vite, les Suédois auront subi pour rien une plus forte mortalité initiale que leurs voisins norvégiens par exemple.

Les résultats des tests sérologiques et du dépistage viral de toute la ville de Wuhan ( 11 000 000 de tests prévus en 10 jours ! ) devraient s’ils sont publiés donner des indications précieuses.  Dans le contexte de guerre froide entre les USA et la Chine sur cette épidémie, il est probable que les Chinois vont en retarder la publication pour en donner la primeur à l’inspection OMS in situ à Wuhan qu’ils souhaitent mettre en place dans quelques semaines.

Une réflexion sur “Covid-19 stop ou encore? C’est le virus qui décidera….

  1. Mon neveu rentre , ce jour , (d’un séjour d’un an) des USA (à Roissy) , aucun contrôle ,au retour ! On ne lui demande pas, où il va faire sa quarantaine …Il est parti avec son co – stagiaire ,en campagne , on lui a dit d’être sérieux. Pour moi, si il y a semaines « Out  » , on devrait demander aux gens, où ils sont et les contrôler …Rien , ça peut paraître léger , quand on pense aux premiers confinés de La Ciotat …Le Drian a dit que c’était « volontaire » la quatorzaine de confinement Quand ma soeur a téléphoné , la fille lui a dit de se renseigner à l’Ambassade US !! Des lois françaises , voilà, pour info !

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