Le Covid21 est il né en Amazonie ?

JHM Cohen 21 01 2121

Sur les ondes de RCF: https://rcf.fr/embed/2564418″

Au bout d’un an de circulation virale des variants notables font leur apparition. On discute de leur échappement éventuel aux vaccins basés sur le Spike. Les tests les plus courants pour juger de l’échappement sont basés sur la liaison d’anticorps sur le Spike, et le test de référence d’inhibition de l’infection d’une culture cellulaire par du vrai virus est très peu pratiqué. Comme la réponse des tests n’est pas en tout ou rien mais quantitative, sans trop savoir ou placer la barre du seuil d’efficacité in vivo, c’est dire que leurs résultats sont à prendre avec prudence. 

Mais la pierre de touche pour juger d’un variant, c’est son échappement à l’immunité naturelle, c’est à dire sa capacité à contaminer des sujets qui ont été précédemment malades. Depuis le début de l’épidémie, des ré-infections n’ont été signalées qu’anecdotivement, le plus souvent chez des sujets aux pathologies ou traitement immuno-suppresseurs. Et même chez eux les ré-infections étaient toujours moins sévères que la primo-infection. 

Si le variant anglais n’échappe pas à l’immunité acquise, le variant Sud-Africain, sous réserve, non plus,  le variant Brésilien a démontré cette redoutable capacité. Il faut donc étudier plus en détail sa brève histoire.

Manaus, ses deux vagues et ses étranges anticorps 

La première vague à Manaus et alentour, en pleine Amazonie, fut particulièrement féroce, atteignant 1500 morts par Mh. A sa décroissance, des études sérologiques ont suggéré une positivité des 2/3 et même des 3/4 de la population. Ce qui correspondrait  à un taux d’immunité de groupe de type « immunité d’éradication » pour un virus de la contagiosité du Sars-Cov2. Quand une seconde vague s’y est pourtant allumée, on a dû considérer plusieurs hypothèses, de l’échec technique ou des biais de l’étude sérologique, au caractère bref de l’immunité naturelle. Mais pourquoi à Manaus et pas ailleurs ? On peut aussi se demander  faute de sérothèque ancienne si la population ne présentait pas des anticorps par exposition à un autre virus cross-réactif. 

Des cas symptomatiques à deux reprises à 3 mois d’intervalle ont pu être documentés. Et finalement, un voire deux, variants ont été découverts. La première hypothèse les concernant a été de dire que la pression de sélection avait été ici maximale vu l’exceptionnelle couverture sérologique, d’où l’échappement viral. L’échappement viral est en effet favorisé par la pression de sélection de l’immunité acquise ou vaccinale. Mais à un certain niveau d’immunisation, le virus est éradiqué et n’a plus le loisir de muter. Niveau qui semblait pourtant atteint.  On peut aussi imaginer un aller-retour vers le monde animal qui ici, domestique ou sauvage est abondant et proche. 

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Fresque urbaine à Manaus. La jungle amazonienne et les animaux sauvages ne sont pas loin. Et un perroquet domestique mange dans la main.

 

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Manaus. La jungle proche dans les rues de la ville. A gauche, des Capibaras qui par comparaison phylogénique sont très probablement susceptible à notre virus. On voit aussi un singe, sans doute un Atèle, à droite…

Un train peut en cacher un autre

Le monde viral est immense et comporte encore de nombreuses Terra Incognita. Dont des virus en quête de maladie ou de rôle, comme les spumavirus, pourtant premiers rétrovirus humains découverts, et surtout pour le sujet du jour, des virus dépendants qui ne prolifèrent qu’associés à un autre virus mais pourraient en modifier les propriétés, tels les AdenoV-Associated-Virus, ou l’agent delta pour l’hépatite B. On ne sait pratiquement rien de commensaux éventuels des coronavirus chez l’homme.

En matière de virus le pire est plutôt rare… mais les choses rares arrivent parfois !

Le Sars-cov2 a des frères et soeurs: le Sars de l’épidémie de Hong Kong qui ne fit qu’une seule vague et quelques cas secondaires, le MERS, dont les cas sporadiques persistent mais qui ne semble pas pouvoir s’éloigner de ses chameaux d’origine et du sable du désert, sans diffusion mondiale. Dans sa version pandémique, le Sars-cov2 a montré une capacité étonnante à s’affranchir du climat et des saisons, comme une sélectivité de létalité exceptionnelle de l’ordre de 3 à 4 log10 d’un octogénaire diabétique ou en surpoids à un sujet de 20 ans en bonne santé. Tout en diffusant remarquablement chez ces sujets jeunes. Un variant significatif, ne gardera pas forcément toutes ces caractéristiques. Si l’on pense immédiatement à un virus que se mette à tuer des sujets jeunes, ce qui limiterait sa diffusion d’ailleurs, il peut aussi choisir de ne plus tuer personne. 

Les conséquences vaccinales

S’il faut envisager des émergences périodiques de variants et le besoin de vaccins modifiés par s’adapter à ces nouvelles souches, l’expérience acquise et la vaccination en cours nous apportent à la fois des éléments pour aller plus vite et des difficultés supplémentaires. Tous les vaccins visant le Spike, quel qu’en soit le type, RNA vecteur viral, protéine recombinante, devront par définition être modifiés pour inclure les variations de cette molécule. Concernant les vaccins virus entier, il est urgent de savoir si une partie de leur efficacité repose sur d’autres constituants que le spike, ce qui les rendrait plus ou moins résistants aux variants du spike.

On doit aussi raisonner en terme d’injections répétées. Celles ci sont sans problème pour les protéines recombinantes et les virus entiers. Mais les vaccins RNA dans l’état actuel de leur formulation, ne supporteront pas des injections multiples: leurs effets secondaires d’intolérance s’aggravant au fil des injections ont déjà fait abandonner l’éventualité d’une vaccination classique par une dose et deux rappels. Et les vaccins adenovirus verront leur efficacité diminuer rapidement au fil de l’immunisation du sujet contre le virus vecteur. 

On constate donc que les vaccins arrivés en tête dans le sprint au vaccin, seront très mal placés pour la course d’endurance. 

 

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