JHM COHEN
Sur les ondes de RCF Chronique du 6 novembre 2020
Les pouvoirs publics annoncent à une population confrontée à des délais considérables, parfois de plusieurs jours, des tests classiques pratiqués en laboratoires de ville, une solution miracle « passez à la pharmacie ou au cabinet du médecin pour bénéficier d’un test en quelques minutes ». Ces tests pourront aussi être pratiqués chez des infirmières libérales. Pratiqués sans ordonnance à la demande des sujets, ils représentent également l’illusion d’une abondance infinie comme d’un usage universel.
De tels tests sont pourtant une double erreur: une erreur de lieu et une erreur de type de tests.
Un exemple de test génomique, sans instrumentation à lecture à l’oeil nu
Une erreur de lieu
Les pharmacies, la plupart du temps exiguës et déjà dévolues à d’autres usages n’ont pas la possibilité matérielle d’installer un circuit d’attente un local de prélèvement etc. De plus, ce qui rejoint le problème des cabinets médicaux, on voit mal comment le professionnel va s’habiller pour un patient ( casaque, gants, charlotte, lunettes, visière.. ou tenue intégrée « de cosmonaute » ) pour un prélèvement, puis se déshabiller avec une procédure de sécurité pour aller délivrer des médicaments, puis recommencer etc. Quiconque a pratiqué cette médecine le sait, et on est confondu que le ministre de la Santé n’ait trouvé personne pour lui dire que c’était une faute bonne idée. De plus, rassembler des porteurs potentiels et les tester dans un circuit inadapté et sans doute de précautions inadaptées, représente une excellent façon de créer un foyer de contamination. Des lieux et des circuits dédiés de type drive, ou plus facilement en France la réutilisation du maillage des bureaux de vote, comme je l’avais proposé en vain à la place du premier tour des élections municipales, seront des lieux de tests de masse quand nous en serons après le pic, à tenter à nouveau l’éradication virale par tests massifs d’un zone bouclée et confinée pour les 3 ou 4 jours nécessaires.
Un mauvais type de test
Le recours aux tests antigéniques comme tests unitaires minute vient de la constatation des difficultés créées par les test PCR de première génération durant 5 à 6 h plus une phase préparatoire, qu’il est en pratique impossible de rendre en une journée. Recourir aux tests antigéniques est une méconnaissance de l’évolution technique des tests génomiques , confirmée par l’écrasante proportion persistante en France de ces tests aujourd’hui obsolètes par séries de 100 sur des machines de qPCR. L’évolution s’est faite dans plusieurs directions: i) des automates de large débit assurant chacun de 3 à 10 000 tests par jour. ii) des tests plus sophistiqués assurant la séquence du virus en même temps que son diagnostic par fournées de 3000, permettant le suivi épidémiologique des chaînes de contamination. iii) des tests rapides en moins d’une heure qui sont de plusieurs familles « pcr courte », amplifications isothermiques comme Sherlock ou EazyCov, tests multivirus comme le BioFire de Biomérieux. Certains ne nécessitent pas plus d’instrumentation qu’un bloc chauffant et de regarder si la couleur a viré en 40 mn maximum.
Quelle sensibilité de test est souhaitable ?
On a reproché aux tests PCR de détecter du virus de façon trop sensible en fin de maladie, quand des restes de cellules bronchiques sont éliminées avec du virus mort depuis longtemps. Mais ils ne ratent pas de faible porteurs. A condition que le prélèvement aille chercher convenablement le virus nous y reviendrons.
Les tests génomiques accélérés sont à peine moins sensibles que les tests de référence. Les tests antigéniques eux ne détectent dans la vraie vie que 30% des positifs tout venants détectés par la qPCR classique. Et quand on regarde en détail, seuls les forts sécréteurs que sont les malades symptomatiques en phase aigue des premiers jours de leur maladie.
C’est dire que ces tests antigéniques n’ont aucun intérêt en dépistage d’une population hétérogène des sujets contacts aux inquiets en passant par quelques malades pas trop graves quittant leur lit pour venir tous en pharmacie.
A quoi pourraient servir les tests antigéniques ?
On peut se poser la question ! En fait, en barrière d’entrée de lieux de travail, par dizaines de millions, les tests antigéniques pourraient dépister l’entrée de forts contaminateurs. Mais dans toutes les situations sélectives, ils sont surclassés.
Le type de prélèvement théorie et vraie vie
Le prélèvement le meilleur est le prélèvement nasal profond dans le cavum. Malheureusement, il est parfois mal praticable pour des raisons anatomiques. Et souvent douloureux, patients et préleveurs timorés s’arrêtent en chemin. Si bien que dans la vraie vie le meilleur test appliqué à un prélèvement théoriquement le meilleur donne encore 20% au moins de faux négatifs.
Si bien que des sites de prélèvements théoriquement inférieurs, mais plus constants dans la vraie vie peuvent conduire à de meilleurs résultats. Plusieurs pays ont renoncé au prélèvement nasal pour le prélèvement pharyngé classique plus ou moins mouillé de salive, et même mis en oeuvre le prélèvement salivaire, qui lui comme auto prélèvement simplifie la logistique et la sécurité du prélèvement.
Quels tests pratiquer?
Les tests utiles ne sont pas les mêmes selon les circonstances. En premier lieu, au sommet d’un pic épidémique les tests ne servent plus à grand chose, si ce n’est à estampiller les futurs malades guéris quand on admettra enfin qu’il ne peuvent dans les 6 mois être réinfectés significativement.
Quand nous en serons à nouveau à dépister des clusters de petite taille, les tests rapides de terrain pour les sujets contacts seront les plus utiles.
En revanche pour des campagnes de masse d’éradication virale, seuls de gros automates avec une logistique de type industrie automobile ou grande distribution pourront permettre de réaliser des tests par millions. Ce sera l’enjeu principal au premier trimestre 2021
En résumé pour les lecteurs pressés:
La situation complexe des tests antigéniques ( Quidel, Abbott..). Ils semblent détecter 85% des forts sécréteurs mais à peine 1/3 des porteurs tout venant. Ils pourraient servir dans une stratégie de barrière à l’entrée des lieux de travail,ou d’enseignement, associés à la détection thermique, mais pas de filtre à l’entrée des ehpad. En test à la demande en pharmacie en France, ils ne serviront à rien et au contraire leurs faux négatifs seront encouragés à continuer à diffuser autour d’eux.
Il existe plusieurs familles de tests génomiques en moins d’une heure, dont au moins 3 systèmes sans instrumentation, qui devraient être diffusés largement à la place des tests antigéniques. Qu’ils soient positifs trop longtemps comme tous les tests génomiques, lorsque le sujet n’est plus contagieux, ne concerne pas leur spécificité au stade diagnostique. L’un des premiers mis au point dès juin est français ( Eazycov ), mais toujours pas diffusé car il a naïvement misé sur un prélèvement salivaire qui permet de s’affranchir de tout circuit médical spécialisé et de labo d’analyse pour des tests de terrain. Au prix d’une légère perte de sensibilité vis-à-vis du prélèvement nasal. Ce qui lui a valu l’obstruction vigilante des lobbys du circuit actuel des tests. Qui s’accommodent d’ailleurs très bien des tests antigéniques, pourtant largement moins sensibles, lorsqu’ils sont réalisés sur un prélèvement nasal qui reste en circuit médical, infirmier ou pharmaceutique. Employé sur prélèvement nasal, ce test et ses cousins génomiques rapides, permettraient de remplacer totalement les tests antigéniques par quelque chose d’efficace comme outil diagnostic direct sur suspicion clinique.
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