= L’analyse des séquences virales a fourni des éléments sur l’évolution initiale de l’épidémie et permet d’envisager des éléments de son évolution.

Deux variants différents ont eu une cinétique et une diffusion différente. Un variant présent dans la premier mois de l’épidémie à WuHan  et un variant qui se répand hors de Wuhan puis efface le virus initial à Wuhan. On ne peut que rapprocher le phénomène de la mortalité initiale bien plus forte que la mortalité ultérieure. Le premier variant serait finalement moins différent du sras en tuant plus et en diffusant mal. Le second diffuse  bien mieux. Et vraisemblablement tue moins.

D’autres mutations apparaissant plus tard et de façon sporadiques dans l’épidémie peuvent conduire à l’avortement local de l’épidémie ou à un  foyer de plus forte virulence. D’un point de vue dynamique, la diffusion meilleure de formes atténuées devraient conférer une immunité à la population, suffisante pour éteindre l’épidémie.

= L’étude des séquences animales montre et l’instabilité du virus chez l’homme, et une situation plus complexe qu’initialement envisagé concernant l’origine du virus.

Le schéma simple d’un réservoir chauve-souris et d’un hôte intermédiaire le pangolin ( fourmilier écailleux ), est désormais écarté. Les virus de chauve-souris et de pangolin ont un récepteur permettant la liaison aux cellules humaines, rendant la transmission inter espèces possible. Ce récepteur chez le Pangolin est plus proche de celui du virus covid19 que celui de la chauve-souris, mais le virus globalement est bien plus distinct. Donc le pangolin est acquitté en appel !!

On n’a pour l’instant ni chez des chauve-souris ni dans d’autres espèces animales, de virus suffisamment proche de celui passé chez l’homme pour assurer que ce dernier en est directement dérivé. Cette situation est différente de celle du SARS de Hong Kong retrouvé avec une ressemblance de  99.9% chez la civette sauvage.

L’enquête à partir des 35 prélèvements positifs sur 500 environ du marché aux animaux de wuhan n’est pas terminée, mais il est déjà peu probable qu’elle apporte la solution. Il semble que l’animal contaminant n’a pas été prélevé.  C’est la recherche chez les animaux sauvages qui apportera peut être la solution. En se rappelant qu’elle doit être menée prudemment pour laisser à chaque espèce ses virus!

= On peut aussi envisager un autre modèle que le schéma réservoir sauvage, hôte animal intermédiaire, contamination humaine. Un coronavirus humain peut aussi être passé chez un animal d’élevage, capturé, voire de compagnie. Et y avoir rencontré un coronavirus animal de cette espèce ou plus probablement visiteur accidentel, et avoir échangé du matériel génétique avec lui pour aboutir à la souche initiale de covid19.

= Enfin, toutes ces études détruisent les thèses complotistes d’un virus bricolé, accidentellement échappé d’un laboratoire: d’une part le virus racine serait aisément retrouvé en banque de données et d’autre part, un assemblage maléfique aurait des signatures de séquences aussi aisément identifiables que les cicatrices crâniennes de Frankenstein !